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Die Strukturfonds werden außerdem über die Programme im Rahmen von Gemeinschaftsinitiativen tätig. Diese Programme werden von der Europäischen Kommission selbst entwickelt. Sie zielen auf Problembereiche, deren Lösung für die Europäische Union von besonderen Interesse ist.
Sie ergänzen das Gemeinschaftliche Förderkonzept somit auf spezifischen Einsatzgebieten. Für Thüringen laufen derzeit Projekte im Rahmen der Gemeinschaftsinitiativen
 URBAN II: | wirtschaftliche und soziale Wiederbelebung krisenbetroffener Städte und Stadtviertel zur Förderung einer dauerhaften Stadtentwicklung Ansprechpartner in Thüringen: URBAN Gera |
| EQUAL: | transnationale Zusammenarbeit zur Förderung neuer Methoden zur Bekämpfung von Diskriminierungen und Ungleichheiten jeglicher Art im Zusammenhang mit dem Arbeitsmarkt |
| LEADER +: | Entwicklung des ländlichen Raums durch integrierte Entwicklungs- und Kooperationsprogramme lokaler Aktionsgruppen Ansprechpartner in Thüringen: LEADER |
| INTERREG III: | grenzübergreifende, transnationale und interregionale Zusammenarbeit zur Förderung einer harmonischen ausgewogenen Entwicklung und Raumplanung im Gemeinschaftsgebiet |
URBAN II